MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Shigella boydii CDC 3083-94 plasmid pBS512_7

Total Repeats: 162

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010672	TGA	3	9	102	110	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	187918708
2	NC_010672	GCG	2	6	162	167	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	187918708
3	NC_010672	CCG	2	6	220	225	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	187918708
4	NC_010672	GCC	2	6	241	246	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	187918708
5	NC_010672	GGT	2	6	318	323	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	187918708
6	NC_010672	GAT	2	6	394	399	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	187918708
7	NC_010672	CTG	2	6	452	457	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_010672	GAA	2	6	506	511	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_010672	GAA	2	6	544	549	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_010672	TC	3	6	565	570	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
11	NC_010672	GGA	2	6	596	601	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_010672	A	7	7	651	657	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_010672	TAC	2	6	761	766	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_010672	GAAAC	2	10	887	896	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
15	NC_010672	TGCT	2	8	900	907	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
16	NC_010672	GA	3	6	948	953	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
17	NC_010672	CGG	2	6	1048	1053	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_010672	AG	4	8	1130	1137	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
19	NC_010672	ACG	2	6	1162	1167	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_010672	GGA	2	6	1259	1264	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_010672	A	6	6	1272	1277	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_010672	GAT	2	6	1301	1306	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23	NC_010672	GCA	2	6	1307	1312	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_010672	GTG	2	6	1390	1395	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_010672	CGG	2	6	1412	1417	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_010672	GAA	2	6	1437	1442	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_010672	GCGT	2	8	1492	1499	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
28	NC_010672	GCT	2	6	1598	1603	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_010672	CAG	2	6	1785	1790	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	187918710
30	NC_010672	GCA	2	6	1793	1798	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	187918710
31	NC_010672	GAGC	2	8	1802	1809	25 %	0 %	50 %	25 %	187918710
32	NC_010672	TGT	2	6	1978	1983	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	187918705
33	NC_010672	T	6	6	2002	2007	0 %	100 %	0 %	0 %	187918705
34	NC_010672	TGGT	2	8	2015	2022	0 %	50 %	50 %	0 %	187918705
35	NC_010672	TCAG	2	8	2045	2052	25 %	25 %	25 %	25 %	187918705
36	NC_010672	GT	3	6	2104	2109	0 %	50 %	50 %	0 %	187918704
37	NC_010672	TTG	2	6	2113	2118	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	187918704
38	NC_010672	TCT	2	6	2188	2193	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	187918704
39	NC_010672	A	7	7	2211	2217	100 %	0 %	0 %	0 %	187918704
40	NC_010672	CTGG	2	8	2234	2241	0 %	25 %	50 %	25 %	187918704
41	NC_010672	GGT	2	6	2321	2326	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	187918706
42	NC_010672	TTG	2	6	2327	2332	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	187918706
43	NC_010672	CTG	2	6	2347	2352	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	187918706
44	NC_010672	CAGC	2	8	2460	2467	25 %	0 %	25 %	50 %	187918709
45	NC_010672	T	6	6	2476	2481	0 %	100 %	0 %	0 %	187918709
46	NC_010672	TGC	2	6	2496	2501	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	187918709
47	NC_010672	CTG	2	6	2566	2571	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	187918709
48	NC_010672	TGC	2	6	2579	2584	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	187918709
49	NC_010672	A	6	6	2645	2650	100 %	0 %	0 %	0 %	187918709
50	NC_010672	CAT	2	6	2656	2661	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	187918709
51	NC_010672	TGT	2	6	2738	2743	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	187918709
52	NC_010672	GTTT	2	8	2811	2818	0 %	75 %	25 %	0 %	187918709
53	NC_010672	TATT	2	8	2854	2861	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_010672	TTA	2	6	2871	2876	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_010672	ATC	2	6	2892	2897	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_010672	CCTG	2	8	2966	2973	0 %	25 %	25 %	50 %	187918707
57	NC_010672	CTGGCG	2	12	3015	3026	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	187918707
58	NC_010672	TCTG	2	8	3106	3113	0 %	50 %	25 %	25 %	187918707
59	NC_010672	TTC	2	6	3129	3134	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	187918707
60	NC_010672	GC	3	6	3256	3261	0 %	0 %	50 %	50 %	187918707
61	NC_010672	GT	3	6	3317	3322	0 %	50 %	50 %	0 %	187918707
62	NC_010672	GCCAT	2	10	3323	3332	20 %	20 %	20 %	40 %	187918707
63	NC_010672	TCTCA	2	10	3356	3365	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
64	NC_010672	CGGG	2	8	3428	3435	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
65	NC_010672	GTG	2	6	3444	3449	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_010672	G	6	6	3451	3456	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
67	NC_010672	T	7	7	3460	3466	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_010672	GCG	2	6	3516	3521	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_010672	TA	3	6	3535	3540	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_010672	TA	4	8	3552	3559	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_010672	GTTT	2	8	3578	3585	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
72	NC_010672	AGTT	2	8	3601	3608	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
73	NC_010672	TGG	2	6	3626	3631	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_010672	CTGG	2	8	3646	3653	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
75	NC_010672	GTG	2	6	3664	3669	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_010672	GGT	2	6	3687	3692	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_010672	AAT	2	6	3723	3728	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_010672	CAG	2	6	3753	3758	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_010672	GTG	2	6	3798	3803	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
80	NC_010672	TGC	2	6	3815	3820	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_010672	CAGGC	2	10	3912	3921	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
82	NC_010672	GAA	2	6	4080	4085	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
83	NC_010672	TAA	2	6	4145	4150	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_010672	A	6	6	4176	4181	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_010672	AGA	2	6	4208	4213	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
86	NC_010672	TGA	2	6	4216	4221	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
87	NC_010672	CAGA	2	8	4292	4299	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
88	NC_010672	A	6	6	4347	4352	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_010672	TTG	2	6	4378	4383	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
90	NC_010672	CAGA	2	8	4413	4420	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
91	NC_010672	ATG	2	6	4495	4500	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
92	NC_010672	CAG	2	6	4530	4535	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_010672	ACTG	2	8	4541	4548	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
94	NC_010672	TGA	2	6	4552	4557	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
95	NC_010672	A	6	6	4560	4565	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_010672	ATG	3	9	4642	4650	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
97	NC_010672	AAAT	2	8	4655	4662	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_010672	CAG	2	6	4728	4733	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_010672	CAGAA	2	10	4735	4744	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
100	NC_010672	GCA	3	9	4749	4757	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_010672	GCG	2	6	4779	4784	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_010672	GCA	2	6	4791	4796	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_010672	GCT	2	6	4806	4811	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_010672	GCTGAA	2	12	4827	4838	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_010672	ATG	2	6	4870	4875	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
106	NC_010672	ATC	2	6	4908	4913	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_010672	TTCT	2	8	4960	4967	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
108	NC_010672	ATA	2	6	4981	4986	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_010672	GCC	2	6	5079	5084	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
110	NC_010672	TGA	2	6	5185	5190	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
111	NC_010672	AAC	2	6	5196	5201	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_010672	CTG	2	6	5293	5298	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_010672	T	6	6	5350	5355	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_010672	TTGA	2	8	5409	5416	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
115	NC_010672	TTG	2	6	5425	5430	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
116	NC_010672	AAT	2	6	5439	5444	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_010672	ATT	2	6	5448	5453	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_010672	AGG	2	6	5489	5494	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_010672	CTTT	2	8	5500	5507	0 %	75 %	0 %	25 %	187918711
120	NC_010672	TA	3	6	5516	5521	50 %	50 %	0 %	0 %	187918711
121	NC_010672	GAA	2	6	5556	5561	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	187918711
122	NC_010672	AAT	2	6	5567	5572	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	187918711
123	NC_010672	A	8	8	5584	5591	100 %	0 %	0 %	0 %	187918711
124	NC_010672	TAA	2	6	5592	5597	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	187918711
125	NC_010672	CATC	2	8	5616	5623	25 %	25 %	0 %	50 %	187918711
126	NC_010672	TCCT	2	8	5630	5637	0 %	50 %	0 %	50 %	187918711
127	NC_010672	GAA	2	6	5667	5672	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	187918711
128	NC_010672	A	6	6	5681	5686	100 %	0 %	0 %	0 %	187918711
129	NC_010672	ATAA	2	8	5688	5695	75 %	25 %	0 %	0 %	187918711
130	NC_010672	TAT	2	6	5871	5876	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	187918711
131	NC_010672	ATG	2	6	5887	5892	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	187918711
132	NC_010672	AAT	2	6	5934	5939	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	187918711
133	NC_010672	AAAG	2	8	5940	5947	75 %	0 %	25 %	0 %	187918711
134	NC_010672	TGT	2	6	5981	5986	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	187918711
135	NC_010672	TGTT	2	8	5992	5999	0 %	75 %	25 %	0 %	187918711
136	NC_010672	AAT	2	6	6024	6029	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_010672	TTA	2	6	6048	6053	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_010672	TA	3	6	6069	6074	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_010672	AT	3	6	6109	6114	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_010672	A	7	7	6116	6122	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_010672	TAT	2	6	6123	6128	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_010672	AGG	2	6	6130	6135	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
143	NC_010672	TCT	3	9	6215	6223	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_010672	A	7	7	6251	6257	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_010672	TCT	2	6	6268	6273	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
146	NC_010672	T	7	7	6282	6288	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_010672	CTG	2	6	6300	6305	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
148	NC_010672	CAAA	2	8	6310	6317	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
149	NC_010672	A	7	7	6315	6321	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_010672	GGT	2	6	6336	6341	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
151	NC_010672	GGA	2	6	6393	6398	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
152	NC_010672	CTC	2	6	6461	6466	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
153	NC_010672	GCT	2	6	6484	6489	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
154	NC_010672	G	6	6	6570	6575	0 %	0 %	100 %	0 %	187918712
155	NC_010672	CA	3	6	6582	6587	50 %	0 %	0 %	50 %	187918712
156	NC_010672	G	6	6	6817	6822	0 %	0 %	100 %	0 %	187918712
157	NC_010672	GCG	2	6	6845	6850	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	187918712
158	NC_010672	TTCCTG	2	12	6859	6870	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	187918712
159	NC_010672	TGAG	2	8	6936	6943	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
160	NC_010672	CGC	2	6	6955	6960	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
161	NC_010672	AGCG	2	8	7289	7296	25 %	0 %	50 %	25 %	187918713
162	NC_010672	CAG	2	6	7386	7391	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.